تعد جامعة الشيخ الطوسي البذرة الأولى ضمن مشروع تعنى بنشر الفكر الإسلامي الأصيل وتتبنى محاولة جادة لأسلمة المعارف والعلوم من خلال صياغة مناهج علمية رصينة تهدف إلى الإسهام في أحداث تطوير كمّي ونوعي في الحركة العلمية والثقافية والتربوية عن طريق خلق كوادر علمية مستنيرة تتعاضد لديها عناصر الحداثة والتراث وتؤسس لمبادئ وأفكار ورؤى علمية عصرية بروحية إسلامية أصيلة. تأسست في عام (2005) م ، وهي من الكليات المستوفية لجميع الشروط الموضوعة من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي

وقد حصل الاعتراف الرسمي بها من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي  بموجب كتابيها : جـ هـ س / 4177 في 30/11/2005م وجـ هـ / 2319 في 9/8/2006م المتضمنين استحداث كلية الشيخ الطوسي الجامعة بأقسامها الثلاثة (القرآن الكريم وأصول الدين والتبليغ الإسلامي)، استنادا إلى موافقة مجلس الوزراء في كتابه ذي العدد ق/2/1/8/15578في21/11/2005م .

كانت الأقسام العلمية فيها (قسم القرآن الكريم- قسم أصول الدين- قسم التبليغ الإسلامي) . وفي سنة ( 2010م ) تم فتح قسم التربية الاسلامية , ثم بعد ذلك تم استحداث قسمي تقنيات التحليلات المرضية و قسم التمريض , ثم في عامي 2022 و 2023 استحدثت اقسام اللغة الانكليزية و القانون , الحاسبات , التربية البدنية و علوم الرياضة , و قسم معلم الصفوف الاولى. ويجري العمل على استحداث اقسام هندسية وطبية للعام القادم ان شاء الله تعالى .